Sebastian Buemi heeft voor Toyota pole postion gepakt in de thuisrace op het circuit van Fuji. Voormalig F1-coureur Anthony Davidson zette al vroeg snelle tijden neer met de Toyota TS040 Hybrid nr. 8, maar door een rode vlag kon teamgenoot Buemi pas in de laatste zeven minuten een tijd neerzetten zodoende de snelste gemiddelde tijd verzilveren.
Het was lange tijd Mark Webber die op de eerste plek stond met de nr. Porsche 919 Hybrid, maar met nog twee minuten te gaan reed Sebastian Buemi naar een tijd van 1:27,173. Waardoor de gemiddelde tijd van Anthony Davidson en Sebastian Buemi op 1:26,886 uitkwam. De Porsche van Mark Webber en Timo Bernhard volgde op 0,043s.
Hierdoor behaalde het tweetal de tweede pole position op rij en alweer de vierde van het seizoen voor het Japanse merk. De Porsche met startnummer 14 reed naar een derde tijd, gevolgd door de tweede Toyota. De Audi’s hadden problemen in de 25 minuten durende sessie en kwamen niet verder dan vijfde en zesde positie. De R18 e-tron quattro moesten een seconde toegeven op de tijd van Anthony Davidson en Sebastian Beumi.
In de LMP1-L ging de snelste tijd naar de Rebellion R-One Toyota, gereden door Nick Heidfeld en Mathias Beche. Het kwam niet helemaal makkelijk tot stand, omdat Mathias Beche de auto nog even aan de kant moest zetten met een elektrisch probleem. Het was de tweede Rebellion met startnummer 13 in handen van Fabio Leimer die zorgde voor de rode vlag, waardoor de auto’s in de laatste zeven minuten naar pole position moesten knallen. Overigens was de tijd van Nick Heidfeld en Mathias Beche bijna flink langzamer met een tijd van 1:31.751.
Bij de LMP2 legde G-Drive Racing beslag op de pole position. Olivier Pla en Roman Rusinov reden met de Ligier JS P2 Nissan naar 1:33,062. Doordat Roman Rusinov zijn sectortijd op vrijdag tijdens de vrije training verbeterde onder geel, ontving het team een straf van drie plaatsen op de grid. Daardoor start de OAK Morgan-Judd van Alex Brundle en Gustavo Yacaman als eerste tijdens de wedstrijd. Naast de OAK-bolide staat de KCMG Oreca 03.
De uitslagen van de kwalificatie: